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聚合酶链式反应过程之PCR引物设计

发布时间:2016-05-17 点击:
引物设计是PCR反应中最重要的部分。引物位置界定了模板DNA的目标区域。引物的退火特性直接影响PCR的产率。为了有效的PCR反应,一对引物必须具有目标区域的特异性,有相似的退火温度,相互间并不反应或不形成引物二聚体,结构上也要相匹配。同样,引物结合的序列区域应为保守区域。如果模板DNA序列发生改变,引物就不能正确结合。表中列出优化引物设计的大体方案。
可以买到很多种引物设计软件包,包括Primer Express( Aplied Biosystems,Foster City,CA)和Oligo( Molecular Biology Insights,Cascade,CO)。这些程序使用热力学“最临近方法”计算预测退火温度和引物自身或相互间的作用( Mitsuhashi,1996;SantaLu-cia,1998)。
 
在引物选择方面,互联网是很有用的工具。比如,在http://www. genome. wi. mit.edu/cgi-bin/primer/primer3一www. cgi网站可以获得引物设计程序Primer3。在使用Primer3时,使用者输入DNA序列和扩增目标区域及一系列参数(产物长度、引物长度、预计的退火温度),软件会标出最佳的引物对。该软件可快速设计一次扩增一个DNA区域的引物对。